Секвенирование экзома

8 (800) 201 83 46Россия, Казахстан, Беларусь

Я не специалист

Бесплатная доставка

Из любого города России

35 рабочих дней

Срок исследования

Выдача сырых данных в формате .fastq

Занимает 14 рабочих дней. Данные направляются по запросу после выдачи заключения. Бесплатно.

1 раз в жизни

Полученные данные можно анализировать повторно спустя 1-2 года

Что такое экзомное секвенирование?

←

→

Генетическая информация — это инструкция для каждой клетки нашего организма, в которой заложен механизм развития и функционирования. Данная информация хранится в виде молекул ДНК, которая состоит из четырех химических соединений (оснований), обозначаемых буквами A, T, C и G (аденин, тимин, цитозин и гуанин).

Изменения в этой последовательности могут приводить к искажению важной информации, нарушая привычные клеточные механизмы и вызывая развитие заболеваний

Последовательно соединяясь друг с другом, эти основания служат носителями информации, которая получена от родителей и будет передаваться детям, в понятном для наших клеток виде.

Тело человека состоит из клеток, клетки содержат ДНК. Гены дают информацию для синтеза всех белков в организме

Вся генетическая информация человека — это его геном, и полная его запись в виде молекулы ДНК представлена последовательностью из более, чем 3,2 миллиарда оснований. Но только 1% (30 млн пар нуклеотидов) этой последовательности приходится на экзом.

Экзом — часть генома, отвечающая за синтез белка в организме.

Для клинических целей в большинстве случаев достаточно данных, полученных в результате прочтения экзома.

85%от всех мутаций, связанных с болезнями — это мутации в экзоме

Показания для проведения исследования

В качестве теста первой линии для диагностики генетически гетерогенных заболеваний (когда несколько генов предположительно вовлечены в конкретное заболевание) и для уточнения прогноза течения болезни, например:

эпилепсии,
расстройств аутического спектра,
нервно-психических расстройств,
заболеваний соединительной ткани,
нарушений обмена веществ,
кардиомиопатии,
комплексного дисморфизма,
иммунологических нарушений,
слепоты.

При задержке развития недифференцированного генеза.
Детям с множественными врожденными аномалиями, нервно-психическими расстройствами и судорогами.
Для плода с аномалиями, выявленными в ходе ультразвукового исследования, когда молекулярный анализ (ХMA) и цитогенетический тест не дал окончательного диагноза.
При проведении комплексной диагностики в постнатальном периоде.

Для интерпретации результатов секвенирования экзома требуется консультация врача-генетика независимо от результата теста.

Особенности проведения исследования

Сочетание симптомов некоторых пациентов не позволяет клиницисту установить точный диагноз

В таких случаях часто выбирается пошаговая диагностическая стратегия, что делает тестирование сложным, трудоемким, дорогостоящим. Кроме того, отсроченная диагностика может оказать значительное влияние на состояние пациента и качество его жизни.

Подробнее об обычном молекулярном тестировании пациентов

Обычное молекулярное тестирование пациентов с генетическими нарушениями зачастую опирается на исследование одного гена или панели (набора) генов. Однако согласно оценкам, до 50% пациентов не получают диагноза, и после такого тестирования диагностика заболевания может занимать несколько лет и так и не привести положительному результату ¹ .

При полноэкзомном секвенировании чаще всего находится несколько вариантов, которые редко встречаются (или даже никогда не встречались) у других пациентов. Такие варианты являются вариантами с неуточненной клинической значимостью (VUS или VOUS). Для них можно только предполагать, насколько «вредными» они могут быть, и относиться к ним с особой осторожностью. Большинство таких редких вариантов не приводят к развитию каких-либо заболеваний.

Для того, чтобы понять, могла ли такая вариация стать причиной заболевания, крайне важно получить конкретную и детальную клиническую информацию от пробанда и родственников при выполнении экзомного секвенирования.

Подробнее о биоинформатическом анализе данных

Как именно работает экзомное секвенирование?

Экзомное секвенирование — широко используемый метод секвенирования следующего поколения (NGS), в ходе которого происходит считывание определенных частей каждого гена, которые считаются наиболее важными для распознавания патологий. Эти части называются экзонами.

Эти «считывания» содержат большое количество информации о генетической последовательности, которая потребует сотни часов для анализа вручную.

Поэтому для быстрого выявления изменений в последовательности ДНК используются компьютерные программы.

Огромный список выявленных вариантов затем «интерпретируется» путем сравнения результатов с базами данных, в которых перечислены варианты, известные или предполагаемые, связанные с генетическими заболеваниями. Интерпретация, так же как и выявление последовательности, сложный и трудоемкий этап секвенирования экзома, поскольку она включает в себя работу многих специалистов для определения значимости каждого обнаруженного варианта.

Процесс экзомного секвенирования

Преимущества экзомного секвенирования

По сравнению с панельным секвенированием, первоначально более целенаправленным генетическим тестированием, сфокусированным на ограниченном наборе предопределенных генов, экзомное секвенирование считывает одновременно все области в геноме, кодирующие белок.

Подробнее о панельном секвенировании

Панельное секвенирование основывается на анализе группы генов, объединенных в мультигенные панели. Данный вид диагностики сфокусирован на конкретном синдромальном показании, случайные результаты при таком подходе маловероятны. Панели выходят из употребления по мере открытия новых генов, связанных с заболеванием или выявления атипичных симптомов, пересекающихся с показаниями к использованию той или иной панели.

Также существует сокращенный экзомный анализ, «клинический экзом», когда смотрят только часть кодирующих последовательностей, которые хорошо изучены в отношении моногенных заболеваний. Несмотря на то, что данная разновидность анализа дешевле, список генов, связанных с развитием заболеваний, постоянно расширяется, следовательно, «клинический экзом» менее информативен.

Секвенирование экзома проводится один раз в жизни

Повторное исследование не требуется, так как данные можно переанализировать биоинформатическимии методами даже спустя годы с целью поиска новой информации о причине заболевания. Связано это с тем, что публикации о выявлении новых генов, ассоциированных с заболеваниями, растут в геометрической прогрессии.

Важно, что далеко не всегда в ходе полноэкзомного секвенирования удается найти «генетическую причину». Поэтому в случае неполучения результата, пациенту может быть показано секвенирование генома.

NGS, или next generation sequencing: Секвенирование нового поколения. Термин означает определение нуклеотидной последовательности (исследование первичной структуры) ДНК или РНК. Технология позволяет «прочитать» единовременно сразу несколько участков генома. Размер одного прочитанного фрагмента варьирует от 25 до 500 пар оснований.
Геном: Cовокупность всего наследственного материала, заключенного в клетке организма.
Клинический экзом: Совокупность всех генов экзома, клиническая связь которых с заболеваниями научно доказана. Он составляет примерно четверть генов полного экзома.
Молекулярный анализ ХMA: Молекулярный тест хромосом при помощи генетического чипа (CMA — CHROMOSOMAL MICROARRAY ANALYSIS), в ходе которого проверяется ДНК.
Моногенные заболевания: Болезни, в основе этиологии которых лежит единичная генная мутация.
Панельное секвенирование: Исследование кодирующих участков генов, мутации в которых приводят к конкретным группам заболеваний (нейродегенеративные заболевания, заболевания соединительной ткани, наследственные заболевания ЖКТ, глаз, почек, сердца и тд.).
Пробанд: Пациент, в отношении которого осуществляется экзомное секвенирование в данном случае и составляется родословная.
Секвенирование генома: Определение всей последовательности ДНК, включая некодирующие участки. По этому параметру отличается от сиквенса экзома.
Цитогенетический тест: Анализ кариотипа, позволяющий определить хромосомные изменения в клетках. В первую очередь, оцениваются число и структура хромосом.
Экзом: Часть генома, отвечающая за синтез белка в организме. Экзом человека соответствует примерно 1% всего генома или 30 миллионам пар нуклеотидов. Экзом — совокупность всех экзонов.
Экзон: Участок гена (ДНК), несущий генетическую информацию, кодирующую синтез продукта гена (белка).

Цитируемая литература

¹Shashi V, McConkie-Rosell A, Rosell B et al. The utility of the traditional medical genetics diagnostic evaluation in the context of next-generation sequencing for undiagnosed genetic disorders. Genet Med. 2014;16:176–182

Как пройти ДНК тест Экзом?

Позвоните 8 (800) 201-74-63 или оставьте заявку

Оплатите исследование на сайте

Стоимость 45 000 ₽

Сдайте венозную кровь

Необходимо сдать венозную кровь (4 мл.) в пробирки с ЭДТА (пробирка с фиолетовой крышкой) в любой лаборатории вашего города. Обязательно подпишите пробирки!

Позвоните курьеру 8 (800) 201-74-63

Курьер заберет набор с вашей кровью и бесплатно отвезет в лабораторию.